Công ty Hoa tiêu khu vực I được thành lập lại theo Quyết định số 1524/QĐ/TCCB-LĐ ngày 29/7/1993 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và được chuyển sang mô hình Doanh nghiệp hoạt động công ích theo Quyết định số 5146/1997/QĐ/TCCB-LĐ ngày 30/12/1997 của Bộ Giao thông vận tải. Công ty Hoa tiêu khu vực I thực hiện nhiệm vụ cung cấp dịch vụ hoa tiêu hàng hải trong vùng hoa tiêu hàng hải thuộc các cảng biển: thuộc địa phận thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh Bình Dương, Đồng Nai, Long An, Bà Rịa – Vũng Tàu và các cảng biển trên sông Tiền (Mỹ Tho, Vĩnh Long, Sa Đéc, Đồng Tháp, …).
Công ty Hoa tiêu khu vực I chuyển đổi thành công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên theo Quyết định số 1775/QĐ-BGTVT ngày 25/6/2010 của Bộ Giao thông vận tải.
Công ty Hoa tiêu hàng hải khu vực I chuyển về làm đơn vị thành viên Tổng công ty Bảo đảm an toàn hàng hải miền Nam theo Quyết định số 2399/QĐ-BGTVT ngày 24/10/2011 của Bộ Giao thông vận tải.